בחטיבה למדעי הרוח חברים מטובי החוקרים הישראלים בקשת רחבה של תחומים במדעי הרוח והחברה. בראש החטיבה עומד פרופ' סרג'יו הרט.
פעילות החטיבה כוללת תמיכה במפעלי מחקר, ארגון סימפוזיונים בין-לאומיים, ימי עיון והרצאות ובחינה של נושאים שונים בתחומי מדעי הרוח והחברה. כמו כן החטיבה מקדמת פעילויות שיזמו חבריה ועושה לקידום חוקרים בראשית דרכם האקדמית.
האקדמיה תומכת במפעלי מחקר רחבי היקף בעלי חשיבות לאומית. מפעלי האקדמיה במדעי הרוח עוסקים בתולדות עם ישראל וארץ ישראל ובחקר השירה העברית: מפעל האונומסטיקון של ארץ ישראל ומפעל חקר פיוטי הגניזה.
כמו כן האקדמיה תומכת במפעל משותף עם Monumenta Germaniae Historica להוצאה לאור של מהדורות ביקורתיות של חיבורים עבריים מאשכנז בימי הביניים. נוסף על כך האקדמיה פורסת את חסותה על מפעל המילון הפרסית האמצעית.
החטיבה פועלת רבות לחיזוק מעמדם של מקצועות מדעי הרוח. הפעולות שננקטו במשך השנים בתחום זה הביאו להגדלת התקציבים למדעי הרוח ממקורות ציבוריים ומגורמים פילנתרופיים כגון הקרן לקידום מדעי הרוח והחברה.
לשם מילוי תפקידיה של האקדמיה לטפח ולקדם פעילות מדעית ולייעץ לממשלה בפעולות הנוגעות למחקר ולתכנון מדעי פועלות בה מעת לעת ועדות לבדיקת תחומי מחקר שונים. הוועדות מביאות לידיעת הציבור את סיכום עבודתן ואת מסקנותיהן בדוחות שהן מפרסמות. בשנת תש"ף התפרסם הדוח של הוועדה לבדיקת תחום לימודי השואה במוסדות האקדמיים בישראל, שפעלה מאז יוני 2017 בראשות חבר האקדמיה פרופ' ישראל ברטל: "מצב תחום לימודי השואה באוניברסיטאות המחקר ובמכללות בישראל" תש"ף – 2020.
מידע על הוועדות שפעלו בעבר ניתן למצוא במדור פעילות החטיבה בעבר.
בשנת היובל לאקדמיה הלאומית הישראלית למדעים (תש"ע, 2009) ייסדה מועצת האקדמיה סדרה שנתית של הרצאות במדעי הרוח והחברה על שמו של נשיא האקדמיה הראשון פרופ' מרטין בובר. לפי דרכו של בובר, בסדרה נישאות הרצאות במגוון תחומים במדעי הרוח והחברה והן פונות לקהל רחב של חוקרים ומתעניינים.
החטיבה מזמינה מרצים מחוץ לאקדמיה לשאת הרצאות אורח וכן מארגנת ימי עיון לכבודם של חברי האקדמיה שהגיעו לגבורות ולזכרם של חברי האקדמיה שנפטרו.
מדי שנה נבחרים כתריסר חוקרים בראשית דרכם האקדמית לחברות בפורום צעירי מדעי הרוח והחברה של החטיבה למדעי הרוח. הפורום הוא קבוצות חשיבה של חוקרים מצטיינים ממגוון תחומים במדעי הרוח והחברה המתכנסות לדיונים אקדמיים בנושא רחב מסוים ייחודי לכל קבוצה, וכל חוקר בקבוצה מאיר את הנושא מזווית הראייה שלו. בראש כל קבוצה עומד אחד מחברי האקדמיה שהנושא הרחב הוא מתחומי מומחיותו. משך פעילותה של קבוצת פורום שנה עד שנתיים (על פי החלטת המנחה והקבוצה).
מאז שנת תשס"ט (2009) החטיבה מארגנת עם קרן אלכסנדר פון הומבולדט הגרמנית סדרת כינוסים רב-תחומיים במדעי הרוח (GISFOH – German Israeli Frontiers of the Humanities) שמשתתפים בהם 50 חוקרים צעירים ישראלים וגרמנים. מטרות הכינוסים להפגיש חוקרים צעירים מצטיינים מתחומים שונים ולאתגר אותם לחשוב ולחקור מעבר לגבולות תחום הדעת שלהם, לאפשר הפריה הדדית וליצור ערוץ לחילופי ידע אקדמי.