המפעל נוסד על ידי האקדמיה בשנת תשכ"ז (1967). מטרת המפעל היא לפענח, לזהות ולקטלג את קטעי השירה והפיוט שנשתמרו באוספי הגניזה הקהירית. היוזמה נתאפשרה עם ריכוז תצלומי המיקרופילם של רוב אוספי הגניזה בעולם במכון לתצלומי כתבי היד העבריים שבספרייה הלאומית. היום אפשר להיעזר גם בסריקות המשובחות של קטעי הגניזה שבאתרים שונים במרשתת. ואכן, הקטעים הסרוקים מקילים לעיתים קרובות את פיענוח החומר, וכפי שיוסבר בהמשך – מאפשרים לזהות הרבה פיוטים שלא זוהו עד כה. 

נכון לימים אלה הושלם קִטלוג השירים ברוב האוספים הגדולים של הגניזה. במאגר המידע של המפעל רשומים קרוב ל-100,000 כותרים של פיוטים מן הגניזה ומעל 70,000 התחלות של פיוטים נדפסים. רוב האוספים הגדולים של קטעי הגניזה כבר פוענחו. מן האוספים הגדולים נותרו קטעי הגניזה מאוסף פירקוביץ' שבסנקט פטרבורג, אך יש עוד כמה אוספים קטנים שטרם קוטלגו, וכן דרושות השלמות לאוספים שכבר קוטלגו. 

המפעל נושא את שמו של פרופ' עזרא פליישר ז"ל, שייסדו ועמד בראשו יותר משלושים ותשע שנים. פרופ' פליישר הלך לעולמו באב תשס"ו. העבודה במפעל חייו נמשכת ברצף בראשותה של חברת האקדמיה פרופ' שולמית אליצור, בסיועה של ועדה מלווה ובה שני חברי האקדמיה. את עיקר עבודת הפיענוח, הקִטלוג והמחשוב מבצעת העובדת הקבועה במפעל, ד"ר שרה כהן. 

בשנתיים האחרונות חלה תמורה בעבודת המפעל: בעקבות הסכם שנחתם בין האקדמיה לבין הספרייה הלאומית להעברה הדרגתית של החזקת המפעל לספרייה הלאומית, דרשה הספרייה – כתנאי למימוש ההסכם – את כל החומר שבמאגרי המפעל כדי לשלבו באתר שלה, "מרחב". כצוואתו של פרופ' פליישר ז"ל שלא להעביר חומרים ללא הגהה וכדי למנוע כשלים אפשריים, הוקדשו כמעט כל השנתיים האחרונות להגהה אינטנסיבית של החומר. עד כה הוגהו ביסודיות כרכים 131–160, 193, 194, 198–209, 231, 232 מהסדרה החדשה בקיימברידג', שבכל אחד מהם מאות קטעים. גם כרכים 233–240 הוגהו, אך החומר שבהם טרם נכנס למאגר. בהגהה נבדקו בשנית תצלומי קטעי הגניזה על פי הסריקות המשובחות שבאתר פרידברג, הטובות בהרבה מהתצלומים שעמדו לפני פרופ' פליישר. סריקות אלה, בהצטרפן אל המידע הרב שהצטבר במאגר, המאפשר זיהוי מורכב של חומרים לקויים, הניבו זיהוי של פיוטים רבים שלא פוענחו בעבר וכן תיקונים ודיוקים בלשונם של שירים שזוהו. כמו כן נוספו על השירים נתונים רבים, ונערכו אלפי תיקונים במאגר. עוד הוכנסו לַמאגר הנתונים של קטעי הפיוט שבאוסף ספריית ריילנדס שבמנצ'סטר, אוסף A, קטעים 1–1370. הקטעים הללו פוענחו, ובשנה האחרונה בדקה אותם פרופ' אליצור לקראת הכנסת הנתונים למאגר.

במהלך השנתיים האחרונות הופיעו כמה ספרים מקיפים, ובהם פיוטים רבים מאוד, כגון ספרה של פרופ' אליצור "סוד משלשי קודש: הקדושתא מראשיתה עד ימי ר' אלעזר בירבי קליר" וספרו של ד"ר עדן הכהן "מחזור היוצרות של ר' שלמה סולימן אלסנג'ארי לפרשות השבוע". ספרים אלה מבוססים על החומרים שבמאגר המפעל, ועם הופעתם נרשמו במאגר כל הפיוטים הנדפסים בהם לצד פיוטים שהופיעו בפרסומים אחרים. לאחרונה נוסף חידוש המזין את מאגר המפעל: כפי שצוין קודם, אוסף פירקוביץ' שבסנקט-פטרבורג טרם קוטלג בשיטתיות. כדי לקדם את קטלוגו של אוסף זה זכה לאחרונה ד"ר מתי הוס מן האוניברסיטה העברית בירושלים במענק מחקר מהקרן הלאומית למדע לארבע שנים לצורך קִטלוג האוסף. את עיקר העבודה מבצע קדם גולדן בשיתוף עם ד"ר כהן, ומאז תחילת המיזם בנובמבר 2019 הוזן מידע מלא על יותר מ-1,430 שירים מאוסף חשוב זה.

 
(קטע מהפיוט המפורסם "היום תאמצנו" לברכת השלום בחגים ותחילת נוסח הקבע שאחריו: "[כהיום הזה ת[ביאנו ששים ושמחים] בבניין שלם]". הקטע הוא מסדרת הנוספות שבאוסף טיילור–שכטר שבקיימברידג', אשר כל כרכי הפיוטים שבה קוטלגו בשנים האחרונות ותוכנם הוכנס למאגר המפעל לחקר השירה והפיוט בגניזה, Reproduced by the kind permission of the Syndics of Cambridge University Library T–S AS 116.256)