ההסכם לשיתוף פעולה מדעי עם האקדמיה הבולגרית נחתם בשנת 1995. במסגרת ההסכם מתקיימים שלושה מיזמים במתמטיקה המשותפים לחוקרי המכון למתמטיקה של האקדמיה הבולגרית ולחוקרים מאוניברסיטת בן-גוריון בנגב, מאוניברסיטת תל-אביב ומהטכניון ומיזם נוסף המשותף למכון הבולגרי לכימיה כללית ואי-אורגנית ולחוקר מאוניברסיטת בר-אילן.