בקרו בתערוכה "בית ועד לחכמים: שישים שנות מדע ודעת" המציינת 60 שנים לחקיקת חוק האקדמיה ופורסת באספקלריה היסטורית את האקדמיה, את מפעלותיה ואת הישגי מדעניה בכל התחומים ומוצגת בבית האקדמיה. למידע נוסף>
בראשית שנות החמישים החלו לדון במשרד החינוך והתרבות על אפשרות הקמתן של שתי אקדמיות, האחת למדעי הרוח והאחרת למדעי הטבע. בשנת 1955 הוקמה ועדה בראשותו של שר החינוך פרופ' בן-ציון דינור ובהשתתפותם של אחדים מבכירי המדענים, והיא דנה בהצעות להקמת האקדמיות. הוועדה המליצה לפני הממשלה לפתוח בצעדים לקראת הקמתה של "פרה-אקדמיה". הממשלה קיבלה את ההצעה, אולם ההתנגדות שהתעוררה בכנסת הביאה לגניזתה. באותה השנה פנתה משפחת ון ליר לממשלת ישראל והציעה להקים בירושלים "מרכז לקידום התרבות" שישמש מקום מפגש לאנשי מדע, לאנשי רוח, להוגי דעות ולאנשי אמנות. ההצעה נידונה בממשלה בדצמבר 1955 ואושרה.
בהחלטה נאמר ש"המרכז לקידום התרבות יאכסן את האקדמיה ללשון העברית ואת האקדמיות (העתידות לקום) למדעי רוח וטבע ולאומנויות" ומטרתו תהיה "ריכוז הישגי המחקר האקדמי הגבוה". בעקבות ההחלטה הקצתה הממשלה את חלקת הקרקע שעליה עומדים היום האקדמיה למדעים ומכון ון ליר. ואולם עקב ההסתייגויות שנתעוררו באותה התקופה מהקמת האקדמיה שינתה הממשלה את החלטתה, ובנוסח המתוקן של ההחלטה מ-8 במרס 1956 הושמט הסעיף הקובע כי המרכז יאכסן את האקדמיות הלאומיות.
לצפייה בסרט תיעודי הסוקר את הרקע להקמת האקדמיה:
על אף נסיגתה של הממשלה מהחלטתה הראשונה נמשכו המאמצים להקים את האקדמיה. בראש היוזמים עמד פרופ' אהרן קציר. הוא הציג לפני דוד בן-גוריון את תכניתו להקים שתי אקדמיות, שתפקידן יהיה, בין השאר, לרכז את הדגולים שבין אנשי הרוח, המלומדים, המדענים והאמנים בישראל, להשתתף בתכנון המדעי-הלאומי של פיתוח הארץ, לייצג את ישראל בפורום של המדע הבין-לאומי, לקיים מגע מתמיד עם הגופים המקבילים בחוץ-לארץ ולקיים פעולות אחרות בעלות אופי אקדמי או חינוכי. דוד בן-גוריון נתן את ברכתו להצעה.
לאחר פגישת הכנה של פרופ' אהרן קציר עם רקטור האוניברסיטה העברית ונשיא הטכניון, שנידונו בה הצעותיו של קציר, זימן דוד בן-גוריון ב-28 בנובמבר 1957 דיון בפורום רחב כדי ללבן את הבעיות הכרוכות בייסוד האקדמיה. בדיון השתתפו גם שר החינוך והתרבות דאז זלמן ארן, שר החינוך לשעבר פרופ' בן-ציון דינור, ופרופסורים מן המוסדות להשכלה גבוהה. הדיון נסב על אופייה של האקדמיה ועל תפקידיה, וגם הובאו נימוקים בעד ונגד הקמתה.
בסיכום הדיון הוחלט על הקמת ועדה מכינה לקראת הקמת האקדמיה, אף כי נשארו בעינם חילוקי הדעות וההיסוסים בקרב משתתפי הדיון בקשר להקמתו של מוסד מעין אקדמיה.
ביוני 1958 נתמנתה ועדה שמתפקידה היה להציע רשימת מועמדים לוועדה המכינה. ועדה זו חרגה מן התפקיד שהוטל עליה והכינה גם טיוטה של הצעת החלטה בדבר הקמת "בית ועד" או "אקדמיה". באוקטובר 1958 הגיש שר החינוך והתרבות את ההצעה לפני הממשלה, והיא אושרה ב-9 בנובמבר 1958. לפי ההצעה ייפתה הממשלה את כוחם של ראש הממשלה ושר החינוך והתרבות למנות ועד מכין להקמת "בית ועד'" (אקדמיה) למדעי הרוח והטבע, שישבו בו אנשי המדע הדגולים במדינה. ב-17 בדצמבר 1958 פנה דוד בן-גוריון אל אנשי המדע והרוח שהוועדה המליצה עליהם והזמינם לשמש חברים בוועדה המכינה להקמת האקדמיה.
החברים בוועדה היו: שאול אדלר, אריה דבורצקי, ברנרד צונדק, יואל רקח, אפרים א' אורבך, בן-ציון דינור, נפתלי ה' טור-סיני, ליאון מאיר, יעקב פולוצקי, נתן רוטנשטרייך, גרשם שלום, פרנץ אולנדורף, נתן רוזן, מרכוס ריינר, יצחק ברנבלום ואהרן קציר.
חברי הכבוד בוועדה היו: חנוך אלבק, מרטין בובר, יצחק פ' בער, שמואל ה' ברגמן, משה צ' סגל ויחזקאל קויפמן.
מתפקידה של הוועדה המכינה היה לעבד תקנון ל"בית הוועד". ואמנם בישיבתה הראשונה של הוועדה, ב-6 בינואר 1959, נקבעה ועדה להצעת תקנון. הצעת התקנון עובדה במהלך שישה חודשים וב-12 ביולי 1959 אישרה אותה מליאת הוועדה המכינה. תקנון זה היה "תקנון האקדמיה הלאומית למדעים", והוא אושר בממשלה ב-13 בספטמבר 1959. כך נוסדה האקדמיה למעשה ונתאפשר לה להתחיל בפעילותה. ב-27 בדצמבר 1959 נתכנסה הוועדה המכינה בראשותו של מרטין בובר והכריזה על הקמת האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים. חבריה הראשונים היו חברי הוועדה המכינה.
ב-23 בפברואר 1960 התקיימה ישיבתה הראשונה של האספה הכללית של האקדמיה בהשתתפות ראש הממשלה דאז דוד בן-גוריון, יושב-הראש, ובאספה זו נבחרו פרופ' מרטין בובר לנשיא האקדמיה ופרופ' אהרן קציר לסגן הנשיא. נשאר עוד לעגן את מעמדה של האקדמיה הלאומית למדעים בחוק המדינה. ועדת השרים לענייני חקיקה הכינה בשיתוף עם חברי האקדמיה הפרופסורים אהרן קציר וגרשם שלום הצעת חוק לאקדמיה. ב-14 ביוני 1961 אישרה הכנסת את "
חוק האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים תשכ"א-1961".