הוועדה לבדיקת מצב הארכאולוגיה בישראל
הוועדה פעלה בשנים 2014-2010. בראשה עמד פרופ' יורם צפריר, וחבריה נבחרו מבין אנשי הסגל הגבוה באוניברסיטאות וכן מבכירי העובדים ברשות העתיקות. הוועדה הקימה שלוש ועדות משנה: הוועדה לענייני הוראה באקדמיה בראשות פרופ' עמיחי מזר, הוועדה לענייני מחקר בראשות פרופ' סטיב רוזן וּועדה שדנה ביחסי חברה וארכאולוגיה בראשות פרופ' יורם צפריר. בראשונה ריכז את עבודת הוועדה ד"ר רפי נצר, וברוב הזמן ד"ר יצחק שי. דוח הוועדה הוגש למועצת האקדמיה ואושר ביוני 2014.
הוועדה וּועדות המשנה דנו בנושאים השונים, ובהם הארכאולוגיה והמדעים המדויקים, שימורם של אתרים ארכאולוגיים, שוד עתיקות ושאלת הסחר בעתיקות ועניינים הקשורים במעמדה של הארכאולוגיה בחברה בישראל. השנה קיימה הוועדה שני ימי עיון פתוחים לציבור הארכאולוגים ולציבור בכלל, והועלו בהם מגוון עניינים הקשורים בעבודת הוועדה. כמו כן נערך דיון פתוח של חברי הוועדה עם ארכאולוגים מהדור הצעיר.
ועדת ההיגוי להערכת מצב המחקר הביו-רפואי בישראל
הוועדה פעלה בשנים 2008-2006. בראשה עמדה פרופ' רות ארנון ותפקידיה היו לבדוק את המצב הקיים במחקר הביו-רפואי בישראל (ובכלל זה המחקר הקליני והממשק בין המחקר הביו-רפואי לתעשייה הביוטכנולוגית), לדווח על ממצאיה ולפי שיקול דעתה להציע דרכים לטיפוחו ולקידומו של המחקר הזה ולהבטחת הניצול המרבי של הפוטנציאל המחקרי בשטח זה בישראל. הוועדה בדקה שלושה תחומים של המחקר - מחקר בסיסי, מחקר קליני ומחקר תרגומי. דוח הוועדה הוגש למועצת האקדמיה ואושר בנובמבר 2008.
הוועדה הציבורית-מדעית לעניין תכנית השילוב של מקבלי גמלאות קיום במעגל העבודה ("תכנית ויסקונסין")
הוועדה פעלה בשנים 2007-2006. היא הוקמה מכוח החלטת ממשלה ובהיענות נשיא האקדמיה פרופ' מנחם יערי לפניית שר התעשייה, המסחר והתעסוקה אליו בעניין. פרופ' יערי עמד בראש הוועדה ותפקידיה היו ללוות ליווי שוטף ומושכל את התנהלותה של תכנית השילוב של מקבלי גמלאות קיום במעגל העבודה (תכנית מהל"ב, הידועה בשם "תכנית ויסקונסין"), לייעץ למִנהלת התכנית בדבר צעדים שראוי לנקוט לשם הצלחתה, להתוות קריטריונים להערכת התכנית ולגבש המלצות באשר להמשך הפעלתה לאחר סיומו של פרק הניסוי. המלצות הוועדה נחלקות לשלושה תחומים עיקריים התומכים זה בזה ומאזנים זה את זה: המלצות הנוגעות למסגרת ההפעלה של התכנית, המלצות הנוגעות להגדרת אוכלוסיית המשתתפים בתכנית ולאופן הטיפול בה והמלצות הנוגעות למערכת הפיקוח והבקרה של ממשלת ישראל על הגופים המיישמים את התכנית. ההמלצות הוגשו בינואר 2008 לראש הממשלה אהוד אולמרט, לשר האוצר רוני בר-און ולשר התמ"ת אלי ישי.
המלצות להמשך הפעלת תכנית השילוב של מקבלי גמלאות קיום במעגל העבודה בישראל, 2007 (בשפה הערבית)
פורום ים המלח
בעקבות כינוס בין-לאומי בנובמבר 1999 שעסק בעתיד אוניברסיטאות המחקר בישראל הקימו האקדמיה וּות"ת את הפורום המכונה "פורום ים המלח" בראשות נשיא האקדמיה ויו"ר ות"ת ובהשתתפות מומחים בתחום. הפורום מינה ועדה שתבחן דרכים לחיזוק מעמדן של אוניברסיטאות המחקר, והוועדה מינתה שלוש ועדות משנה: הוועדה לבחינת דרכי המימון של מערכת ההשכלה הגבוהה, הוועדה לבחינת יחסי הגומלין בין האקדמיה לתעשייה והוועדה לבחינת יחסי הגומלין בין האוניברסיטאות לחברה.
מסמך על ייעודן של אוניברסיטאות המחקר בישראל הוגש לחברי ועדת החינוך של הכנסת בינואר 2002 ושימש מצע לדיון בישיבת ועדת המשנה לבחינת יחסי הגומלין בין האוניברסיטאות לחברה (
המסמך פורסם באיגרת האקדמיה, גיליון 22).
ישיבת הוועדה בפברואר 2002 עסקה בגיבוש מדיניות הסברה מתואמת לאוניברסיטאות המחקר. בדיון השתתפו בנוסף על חברי הוועדה גם סגני נשיא לקשרי חוץ באוניברסיטאות, הדוברים והממונים על ההסברה, חברי מועצת האקדמיה ויו"ר ות"ת. המשתתפים העלו רעיונות שיוכלו לשמש בסיס לתכנית הסברה למען שיפור הדימוי של האוניברסיטאות בציבור ובקרב קובעי המדיניות.
יום עיון על קשרי אוניברסיטת המחקר והתעשייה התקיים באקדמיה במרס 2002.