ההסכם לשיתוף פעולה מדעי עם האקדמיה הלאומית למדעים של אזרבייג'ן נחתם בשנת 1994.
בשנת 2018 התקיימה סדנה משותפת לשתי האקדמיות ב
נושא ססמולוגיה של רעידות אדמה וגֵאודינמיקה, ביוזמתו של חבר האקדמיה הישראלית פרופ' צבי בן־אברהם ובהשתתפות חברי אקדמיה וחוקרים בכירים משתי המדינות. בראש המשלחת האזרבייג'נית עמד ראש המכון לגאולוגיה וגאופיזיקה של האקדמיה הלאומית למדעים של אזרבייג'ן, פרופ' פאחרדין קאדירוב (Prof. Fakhraddin Kadirov).
בינואר 2019 ביקרה בבית האקדמיה
משלחת נוספת מאזרבייג'ן בראשותו של סגן נשיא האקדמיה הלאומית למדעים של אזרבייג'ן פרופ' איברהים גולייב (Prof Ibrahim Guliyev).
נציגים מן המשלחת נפגשו עם פרופ׳ בן־אברהם ועם ד"ר יצחק מקובסקי מבית הספר למדעי הים באוניברסיטת חיפה. הם דנו בפגישתם בתחומי עניין משותפים ובשיתוף פעולה אקדמי פוטנציאלי בתחום הגז והנפט.