ההסכם לשיתוף פעולה מדעי עם האקדמיה הצ'כית למדעים נחתם ביוני 1991.

ההסכם חודש בשנת 1999, וחודש בשנית בשנת 2018, בעת חתימתן של נשיאת האקדמיה פרופ' נילי כהן ונשיאת האקדמיה הצ'כית פרופ' אווה זשימלובה (Prof. Eva Zažimalova) על מזכר הבנות בנוגע לשיתוף פעולה מדעי.

במרס 2019 התקיימה בישראל סדנה דו־לאומית בנושא הגנומיקה של הצמחים. השתתפו בסדנה חוקרים בכירים משתי המדינות, בראשותן של נשיאת האקדמיה הצ'כית פרופ' זשימלובה והנשיאה לענייני קשרי חוץ של האקדמיה הצ'כית פרופ' האנה סיכרובה (Prof. Hana Sychrova). הרצו בסדנה שמונה חוקרים צ'כים וחמישה־עשר חוקרים ישראלים, ונכחו בה חוקרים, דוקטורנטים וסטודנטים לתארים מתקדמים. יו"ר הוועדה המארגנת היה פרופ' אריה אלטמן מן האוניברסיטה העברית בירושלים, וחבר האקדמיה פרופ' אילן חת נמנה עם חבריה.