"לא לקבל החלטות בעניין מערכת ההשכלה הגבוהה והמחקר בישראל בלי דיון מעמיק. החלטות נמהרות עלולות להשפיע לרעה ולגרום נזק למערכת" (ראו נוסח המכתב בהמשך)

לקראת הדיון בתקציב המדינה לשנת 2004 פנה נשיא האקדמיה, פרופ" יעקב זיו, במכתב דחוף לראש הממשלה בבקשה לדחות את הדיון בסעיף "שיפור ההשכלה הגבוהה" המופיע על שולחנה של הממשלה במסגרת "חוק ההסדרים" המוצע על ידי האוצר.

סעיף זה,נכתב, נוגד בעליל את סעיף 15 בחוק המועצה להשכלה גבוהה התשי"ח 1958, והוא בעל השלכות שליליות על מערך המחקר בישראל.

על פי חוק האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים התשכ"א - 1961, יש להיוועץ באקדמיה למדעים בנושא מדעי כבד משקל מעין זה, בטרם תקבל הממשלה החלטותיה בעניין.

במכתב נוסף (23/9/2003) פנתה מועצת האקדמיה לראש הממשלה, מר אריאל שרון, לשרת החינוך והתרבות, גב" לימור לבנת, וליו"ר המועצה להשכלה גבוהה וות"ת, פרופ" שלמה גרוסמן.

במכתב נאמר כי בתוקף תפקידה על פי חוק, חוזרת האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים על פנייתה לראש הממשלה (מיום 14 בספטמבר 2003)שלא לקבל החלטות בעניין מערכת ההשכלה הגבוהה והמחקר בישראל בלי דיון מעמיק. החלטות נמהרות עלולות להשפיע לרעה ולגרום נזק למערכת.

עוד צויין (לקראת ישיבתה של המל"ג בנושא ביום 23/9) כי האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים מחזקת ידיה של המועצה להשכלה גבוהה במאבקה לשמירה על עצמאות מערכת ההשכלה הגבוהה ועל סמכויותיה של הוועדה לתכנון ולתקצוב.

האקדמיה הדגישה כי תשמח לשתף פעולה בכל הקשור לטיפוח המצויינות המדעית בישראל.

העתק המכתב נשלח גם לשר המדע מר אליעזר זנדברג וליועץ המשפטי מר אליקים רובינשטיין.