ביום ג' במרחשוון תשס"ז, 25.10.2006 עלה לדיון במועצת האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים נושא הגבלות התנועה והמעבר שהוטלו לאחרונה על ידי שלטונות צ.ה.ל. על מדענים וסטודנטים פלסטינים, בצורה המונעת מהם לקיים את לימודיהם ומחקרם ולמלא כראוי את חובותיהם האקדמיות והמדעיות.

המועצה שמעה על שורה של מכתבים המביעים התנגדות למדיניות זו וקוראים להפסקתה, שנשלחו אל ממשלת ישראל ואל מספר ארגוני מדע בינלאומיים, וביניהם מכתביהם של רקטורי האוניברסיטאות בישראל, של נשיאי האוניברסיטאות הפלסטינים, ושל שרת החינוך ושר המדע של מדינת ישראל.

המועצה קיבלה דיווח על הדיון בבג"ץ בעניינה של תלמידת המחקר הפלסטינית שנאסר עליה לבוא לאוניברסיטה העברית בירושלים, שם היא רשומה ללימודי דוקטורט.

בתום הדיון התקבלה החלטה פה אחד כדלקמן:

"מועצת האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים מביעה רשמית את התנגדותה הנחרצת לכל צעד, הננקט על ידי ממשלה כלשהי, המונע או מגביל את יכולתם של מדענים או סטודנטים לקיים כסדרה את עבודתם המדעית ולעמוד בכל מחויבויותיהם האקדמיות. בפרט, קוראת מועצת האקדמיה לממשלת ישראל להימנע מלהפעיל צעדים גורפים כלשהם הפוגעים ביכולתם של חוקרים וסטודנטים, פלסטינים או אחרים, לקיים את חובותיהם האקדמיות ולבצע את עבודתם המדעית. במקרים שבהם שיקולים ביטחוניים נחשבים למחייבים הטלת מגבלות על תנועתו של אדם, חייבים אלה להיות מטופלים על בסיס יחידני-אישי, תוך כדי הקפדה על אי-פגיעה בזכויות האדם של מן דהוא