אחת ההשלכות החמורות של שינויי האקלים בישראל היא ההשפעה הצפויה על משק המים – הפחתה בכלל כמות המשקעים והתגברות סכנת הבצורת והמדבור, שינויים בפיזור המשקעים, הצפות, סחף קרקע, עליית פני הים והתגברות הסערות. הירידה במשקעים מאיימת על תקינות המילוי החוזר של האַַקְְווֹת )האקוויפרים( ולפיכך על כמות המים בהן ועל איכותם. מקורות המים האיכותיים העיקריים בישראל הם מי התהום, בייחוד אקוַַות החוף הגדולה ואקוות ההר שבה מים שפירים באיכות גבוהה, ומקורות אלה מספקים למעלה ממחצית תצרוכת המים של המדינה. גם בעתיד, עם עליית שיעור המים המסופקים ממתקני ההתפלה, תלך ותגדל חשיבותם האסטרטגית של מקורות המים הטבעיים האיכותיים משום שמתקני ההתפלה מועדים לפגיעה. נייר העמדה שלפנינו מציג את הצורך החיוני לשמור על מאגרי מי התהום הטבעיים, אשר נתונים ללחצים ולאיומים מכיוונים שונים – לתנודות צפויות במשטר המים בעקבות משבר האקלים וללחצי פיתוח בעקבות הגידול באוכלוסייה ותוכניות בנייה על גבי שטחי המילוי החוזר.

ועדת ההיגוי של האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים להתמודדות עם משבר האקלים קוראת להכיר בחשיבותם של מאגרי מי התהום ולנקוט צעדים מיידיים לשמירתם, לשיקומם ולמניעת הפגיעה בכושר התחדשותם, באיכות המים בהם וביכולתם לשמש כלי קיבול לאצירת מי גשמים ומים מותפלים, בייחוד לנוכח תופעות ההתחממות הגלובלית, המחמירות ומעצימות את ההידרדרות במצב האקוות עד כדי סכנה של ממש למשק המים הלאומי.