ה״יוזמה״ היא יחידה של האקדמיה שהוקמה בשנת 2003 ביוזמתו של נשיא האקדמיה פרופ׳ מנחם יערי, המספקת ייעוץ לממשלה בתחום החינוך. מטרתה להביא לפני מקבלי ההחלטות ידע מבוסס מחקר מדעי
לצורך קביעת מדיניות לשיפור מערכת החינוך הישראלית.
היוזמה פועלת במספר ערוצים, ובראשם הקמת ועדות מומחים (קונסנסוס) רב־תחומיות הבודקות סוגיות מהותיות שמעסיקות את מערכת החינוך, לפי הזמנת גופים במשרד החינוך.
הוועדות פועלות בשיתוף עם הגופים המזמינים, מתוך הקפדה על האוטונומיה והחופש האקדמי שלהן, ומגישות דוח המציג תמונת מצב מורכבת ועדכנית של הנושא, מסקנות והמלצות מעשיות. ערוץ פעילות נוסף הוא קבוצות עבודה המורכבות מחוקרים ומאנשי מערכת החינוך המגבשים יחד תוצר יישומי.
היוזמה פועלת מתוקף הסכם שיתוף פעולה בין משרד החינוך לאקדמיה הלאומית הישראלית למדעים ולקרן יד הנדיב. מנהלת היוזמה היא רננה פרזנצ'בסקי אמיר ובראשות ועדת ההיגוי של היוזמה עומד חבר האקדמיה
פרופ' ישראל ברטל.