מכוח תפקידה המרכזי של האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים במערכת האקדמית הישראלית, היא מיוצגת באמצעות חבריה, הנהלתה או נציבים מטעמה בשורה של גופים ומוסדות בישראל.
נציגי האקדמיה בגופים ובמוסדות – תשפ"ג
(לפי סדר האל"ף-בי"ת)
הוועדה לבחירת זוכי מלגות פולונסקי
המועצה של מרכז זלמן שזר לחקר תולדות העם היהודי
הקרן הדו-לאומית למדע ארצות -הברית -ישראל
מועצת הספרייה הלאומית
מועצת פרסי הארווי
פורום תל"מ (תשתיות לאומיות למחקר ולפיתוח)
פרס דן דוד (אוניברסיטת תל-אביב)
קרן יוספה וליאוניד אולשוונג (האפוטרופוס הכללי)
קרן ע"ש ד"ר מינה שפירמן וד"ר אוטו שפירמן ז"ל
הוועדה המדעית של המרכז למורשת יהדות אתיופיה
פרופ' חגי ארליך, פרופ' גליה צבר
קורטוריון הטכניון