פורום דרכי המשי עוסק בסוגיות העקרוניות של חקר המגעים הבין-תרבותיים ארוכי הטווח והשפעתם על ההיסטוריה של העולם הקדם-מודרני למן תקופת הברונזה ועד לעת החדשה המוקדמת (3500 לפסה"נ – 1750 לסה"נ).

בשנת תשפ"ד הקימה האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים פורום לחקר הדתות האברהמיות. הפורום פונה לקהילת החוקרים והחוקרות העוסקים והעוסקות בחקר היהדות, הנצרות והאסלאם. הפורום הוא בין-תחומי באופיו, ומטרתו העיקרית לעודד פיתוח גישות חדשניות בחקר הדתות האברהמיות, בראייה רחבה ככל האפשר: בעבר ובהווה, מבחינה היסטורית, השוואתית ופנומנולוגית.

הסכם שנחתם בשנת 2009 בין האקדמיה לקרן אלכסנדר פון הומבולדט הגרמנית הוביל לכינון סדרת כינוסים רב-תחומיים במדעי הרוח שבהם משתתפים חוקרים צעירים - ישראלים וגרמנים.

מפעילות החטיבה בעבר: מפעל חקר השירה והפיוט בגניזה ע"ש עזרא פליישר, מפעל האונומסטיקון של ארץ ישראל, מפעל המילון של הפרסית האמצעית, מפעל הפלאוגרפיה העברית, הוועדה לבחינת תחום ההיסטוריה, הוועדה ליישום הדוח בנושא עתיד מדעי הרוח באוניברסיטאות המחקר בארץ ומפעל התפילה.