- תוכניות הליבה – תוכניות הממומנות מדי שנה מתקציב הליבה ופתוחות להגשה לכל תחומי הדעת ואינן ממוקדות בנושא מסוים.
- תוכניות ייעודיות – תוכניות הממומנות מתקציב תוספתי ומיועדות לקהל חוקרים מסוים או לנושא מסוים, ובדרך כלל מוגבלות בזמן. במסגרת תוכניות הליבה מממנת הקרן כ-2,300 מענקי מחקר אישיים באוניברסיטאות ובמוסדות מחקר אחרים. כמו כן תומכת הקרן במסגרת זו ברכישת ציוד מחקרי להקמת מעבדות לחברי סגל חדשים באוניברסיטאות, ברכישת ציוד לחברי סגל ב״אמצע הדרך״, בפרסום ספרים בתחומי מדעי הרוח וכן בקיום סדנאות מחקר בין־לאומיות.
נוסף על תוכניות הליבה הנזכרות לעיל מפעילה הקרן את התוכניות האלה (חלקן כבר ללא הגשות חדשות):
- תוכנית מפ״צ – מענקי מחקר פורצי דרך.
- מענקי מחקר לרופאים־חוקרים בבתי החולים.
- תוכנית למלגות השתלמות בתר־דוקטורט במדעי החברה.
- תוכנית מבריא, בשלושה מסלולים: מענקי מחקר ביו־רפואיים, מענקי הזנק לרופאים בבתי חולים ומענקים להשתלמות בתר־דוקטורט.
- תוכנית למחקרים בתחום המדע וטכנולוגיית הקוונטים.
- תוכנית תמיכה להנגשת תשתיות מחקר – במסגרת התוכנית למענקי מחקר אישיים.
- תוכנית תמיכה להשתתפות במימון ימי שיט – במסגרת התוכנית למענקי מחקר אישיים
- תוכנית לתמיכה ברכישת ציוד לחוקרים ב״אמצע הדרך״.
במחזור הקודם החלו לפעול שתי תוכניות חדשות:
- תוכנית ״בראשית״ ‒ תוכנית חדשה שמטרתה לטפח ולעודד את קליטתם של חוקרים חדשים חוזרים/עולים לישראל באוניברסיטאות מחקר, לאחר השתלמות בתר־דוקטורט בחו״ל באמצעות מתן מענקי מחקר רחבי היקף ומענק ציוד חד-פעמי להקמת מעבדה.
- תוכנית ״אור״ ‒ מיועדת לתמוך בחוקרים מחו״ל המעוניינים להצטרף לחברי הסגל האקדמי הבכיר (בעלי קביעות) באחת מאוניברסיטאות המחקר בארץ. התוכנית פונה לחוקרים בכירים אשר בעשר השנים האחרונות הראו יכולת ומנהיגות מדעיות יוצאות דופן במחקר איכותי מקורי/יצירתי במיוחד ושהוכיחו מחויבות עמוקה ומקיפה לתחומם, תרמו תרומות מדעיות חשובות במיוחד, הפגינו מובילות בולטת בהכשרת מדענים ועיסוק בשאלות מחקר מהותיות בעלות השפעה מכרעת בתחומם. התוכנית תאפשר תמיכה במספר קטן ונבחר של חוקרים מצטיינים בהיקף נרחב ולאורך זמן.
תוכנית מענקי מחקר ISF-IsraLab – בחודש מאי 2026 הודיעה הקרן על פתיחת התוכנית ופרסמה את עיקריה.
התוכנית שמה לה למטרה לתמוך במחקר בסיסי יוצא דופן (technology readiness Level 1–3) בתחומים אסטרטגיים כדי לאפשר מחקרים הדורשים תשתיות רחבות ומורכבות שעשויים להיתרגם לתרומה למשק הישראלי בטווח הזמן הבינוני והארוך. לשם כך נדרשים מימון ארוך טווח ותקציב שבדרך כלל אינו מצוי בהישג ידן של קבוצות בודדות.
מדי שנה ייבחר נושא אחר להגשת בקשות בוועדה מדעית מייעצת (SAC) שתורכב מנציגים מהאקדמיה, מהתעשייה ומתחום הביטחון.
במחזור הראשון יוגשו בקשות המצויות בחזית המדע בתחומי מדעי הטבע (STEM) שיתמקדו בבינה מלאכותית (AI) לפריצות דרך מדעיות.
במחזור זה יוענקו עד שני מענקים בהיקף תקציבי של עד 40 מיליון ₪ למענק (למשך שמונה שנים) למחקר ניסויי/אמפירי. כאשר הבקשה מוגשת מטעם אוניברסיטת מחקר המתוקצבת על ידי ות"ת ניתן לכלול עד 40% מסך התקציב לרכישת ציוד.
פעילות בין־לאומית
לפני כמה שנים הרחיבה הקרן את פעילותה הבין־לאומית, והיא משתפת פעולה עם קרנות מחקר שונות לקידום פעילות מדעית משותפת בין חוקרים ישראלים לבין חוקרים מחו״ל. אלה הקרנות: הקרן הלאומית למדעי הטבע בסין (National Natural Science Foundation of China – NSFC), המכון הקנדי לחקר הבריאות ( Canadian Institute for Health Research – CIHR), המרכז הבין־לאומי למחקר ולפיתוח בקנדה (International Development Research Center – IDRC) וקרן עזריאלי (The Azrieli Foundation). בעבר שיתפה הקרן פעולה גם עם ה־UGC (University Grant Council) שבהודו, עם הקרן הלאומית למחקר בסינגפור (National Research Foundation – NRF) ועם האגודה היפנית לקידום המדע (Japan Society for the Promotion of Science – JSPS). הקרן שותפה ב־GRC (Global Research Council), והיא פעילה בהנהגה האירופית האזורית.
במחזורים האחרונים החלה הקרן לשתף פעולה עם קרנות דומות באירופה במסגרת המודל של ״הסוכנות המובילה״ (Lead Agency – LAP). במחזור זה פועלות שתי תוכניות על פי מודל זה, עם הקרן הלאומית למדע השוויצרית (SNSF) ועם הקרן הלאומית בגרמניה (DFG). במחזור ההגשות הבא (תשפ"ז) עתידות להיפתח שתי תוכניות נוספות לשיתוף פעולה עם הקרנות הלאומיות למדע בצ'כיה (GACR) ובאוסטרייה (FWF), באותה המתכונת.