מרכז הקשר הוקם באקדמיה ביולי 2007 בעקבות דוח ועדת שוחט, הוועדה לבחינת מערכת ההשכלה הגבוהה בישראל בראשות אברהם (בייגה) שוחט שפעלה בישראל בשנים 2006–2007.
המלצה מס' 31 בדוח, בפרק של ועדת המשנה לקידום המחקר האקדמי, מתייחסת לסוגיית הקשר עם חוקרים ומשתלמים ישראלים בחו"ל על רקע בעיית "בריחת המוחות ומצביעה על האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים כעל המוסד המתאים לכינונו ולביסוסו של מערך קשר נאות עם חוקרים ומשתלמים אלה.
נשיא האקדמיה דאז, פרופ' מנחם יערי, שהיה חבר בוועדת שוחט, עמד בראש ועדת-המשנה שעסקה במחקר המדעי בישראל ובטיפוחו, ובתוך כך דנה בעניין החוקרים הישראלים השוהים בחו"ל. ועדת-המשנה ביקשה לבדוק מה ניתן לעשות כדי לשמור על קשר עמם ולהקל במידת האפשר את שובם ארצה ואת השתלבותם במערכת ההשכלה הגבוהה.
לצורך עבודתה של ועדת-המשנה הפעילה האקדמיה מפברואר 2007 מִרשם מקוון למדענים ולמשתלמים ישראלים צעירים בחו"ל ובו שאלון מפורט. על השאלון ענו כמעט 1,000 איש ואישה, והוא הציג תמונה ברורה ולפיה שיקולי משפחה, תרבות וחינוך הילדים ומציאת סביבה מקצועית הולמת הם המניעים העיקריים של ישראלים לחזור. לעומתם, שיקולי התנאים הפוליטיים והביטחוניים ועניין השכר ורמת החיים נמצאו פחותים בחשיבותם למשיבים.
האקדמיה מודאגת מהתופעה המכונה "בריחת המוחות" ומן העובדה שחוקרים ישראלים רבים הנמצאים בחו"ל משתוקקים לחזור ארצה, אילו רק יכלו למצוא עבודה מתאימה ומאתגרת. רבים סבורים כי מדינת ישראל אינה עושה די כדי לשמור על קשר עם מדענים אלה. ההערכה הרווחת היא שיש כמה אלפי דוקטורנטים ובתר-דוקטורנטים ישראלים בחו"ל וכי בעשור האחרון גדל שיעורם של חוקרים ישראלים שאינם חוזרים למערכת ההשכלה הגבוהה הישראלית. אחת הסיבות העיקריות היא צמצום התקנים והיעדר היכולת של המערכת האקדמית בארץ לקלוט מדענים צעירים חדשים. עקב כך ובעקבות תוצאות המרשם החליטה האקדמיה לפעול להגברת קשר זה ולשמירתו, ופרופ' יערי יזם את כינונו של מרכז הקשר באקדמיה.
באמצעות מרכז הקשר שלח נשיא האקדמיה מכתב אישי לחוקרים שהשיבו על שאלון המרשם והסביר להם כי כוונת האקדמיה להביא את דבר החוקרים הצעירים הישראלים בחו"ל לידיעת הגורמים המוסמכים בישראל ולעשות כמיטב יכולתה לסייע להם בנושאים הייחודיים המעסיקים אותם. עוד מסר להם כי האקדמיה סבורה כי על מערכת ההשכלה הגבוהה לעשות מאמץ ניכר להציע להם עתיד מקצועי נאות.